1、农村土地承包经营权流转在实践中存在一些问题：农村土地承包经营权流转之法律规范欠具体，实践操作中会发生扭曲。首先，法律、中央政策和地方性法规以及地方性规章规定，转让、出租、转包、互换和入股等，须经发包方同意。往往发包方在同意时附加条件，但法律并未明确规定“经发包人同意”的标准，以及其在转让中可以行使的权力范围，在实践中往往造成发包方滥用权力，谋取私利，侵害农民转让土地承包经营权的自主权。其次《农村土地承包法》第33条第1款第3项只规定：“土地流转的期限不得超过承包期的剩余期限”，而对不同种类的农村土地承包经营权流转形式没有作出流转期限的规定，按照法理分析，农村土地承包经营权转包或者出租，属于债权性质的民事权利转移，其流转的期限应符合债权法理论规定，最长不得超过20年。再次，土地承包经营权流转方式之间内涵外延界定不清，存在交叉重叠现象，《物权法》和《农村土地承包法》，以列举的方式明确确立了土地承包经营权流转有转让、互换、转包、出租、入股、抵押及继承、代耕等方式，代耕虽然对防止撂荒土地具有积极作用，但当事人之间实质是劳动力的雇佣关系，并不是市场流转行为。法律对上述几种方式界定不清，导致外延交叉重叠。
2、应依法建立适应各地实际情况的土地承包经营权流转制度。土地承包经营权既然定性为物权，那么对于其流转，理应给权利人较大的处分自由，方能体现出法律的制定精神。国家应该允许各地在法律规定的范围内的根据本地的具体情况，制定不同流转制度的地方性法规，赋予承包权人更加自由的流转处分权。目前我国农村社会保障制度还不健全、需被保障对象还比较多的情况下，农民对土地流转方式的多样化的需求也越来越高。例如，可以制定相关的规定让非农人员规模化经营土地合法化。非农人员可以进行土地的规模化经营，但并不改变土地的集体性质，因为规模化经营土地的企业股东中有集体经济组织成员，里面仍然保留了集体性质，至多可以算是混合制企业，所以说非农人员规模经营土地而不改变土地的集体性质，在理论上是完全行得通的。法律、法规应该确认和规范农村社会保障的范围和对象，相应社会保障制度的建立和完善，必将进一步促进土地承包经营权流转的顺利进行。
3、进一步加大法律的宣传力度，提高农民对土地流转的认识。土地流转是关系到农民权益、农业发展、稳定农村大局的一件大事，而在实际调查显示，相当一部分农民和村干部对相关法律的规定知之甚少，何谈应用法律保护自己的利益？因此，各地应当加大对法律的宣传力度，提高农民尤其是村干部的法律意识，在农户平等协商、依法、自愿的前提下，积极引导土地流转，保证土地流转健康有序进行，不能以任何借口剥夺农户的土地流转权利。
完善农村土地承包经营权流转制度，事关确保农村土地承包关系的长期稳定，事关承包方的切身利益，事关农村经济发展和农村社会稳定的大局，引导农村土地承包经营权流转健康发展，是今后农村长期工作中一项重要的任务