1、难以确定合法性

确权颁证是对农村宅基地和住房合法性的一个重要认可。没有确权的宅基地和住房可能存在两种情况，一种是农民没有时间、觉得不必要等原因没有主动提出申请，另一种是宅基地取得不合法，或者住房建设没有按规定程序，但不管什么情况，没有确权就会让人对宅基地和住房的合法性产生质疑。

2、不能进行抵押贷款

随着宅基地确权登记和“三权分置”的提出，我们农村宅基地和住房财产属性不断增强，其中一个重要的体现便是能够和城里房产一样作为抵押物进行融资贷款，但这是应该在确权登记颁证的基础上进行的，如果没有确权是不能进行抵押贷款的。

3、不能进行合法转让交易

宅基地“三权分置”明确提出要适度放活宅基地的使用权，也就是说，下一步宅基地转让交流将进一步扩大，与这一政策相配套，国家已经提出允许外部资本投资农村宅基地和闲置房，允许宅基地对村外人进行转让和长期出租，这也是在确权颁证的基础上进行的，确权之后交易双方都有底气，不然交易活动会受到很大的影响。
4、影响拆迁补偿

近年来，由于城镇化工业化发展比较迅速，农村征收拆迁的情况越来越多。如果农户宅基地和房屋已经确权登记，在房屋征收拆迁时有固定的征收程序，也会有着较高的经济补偿，如果没有确权登记，宅基地和住宅的合法性存疑，在征收拆迁补偿中就会大打折扣，有时候可能只能对地上建筑物进行补偿。