政府和农民在产权认识上存在分歧。按照现行法律规定，集体土地所有权的主体是农民集体，农民集体包括村农民集体、乡(镇)农民集体、村内农业集体经济组织内的农民集体。这三种形式中，村一级是最主要的。但大部分农民(村民)甚至村干部认识较为模糊，即把土地承包权长期稳定视为土地归自己所有，可以随意处置。以至于随意使用土地、恶意垦种、随意盖房等现象时常发生。

　　土地使用权流转程序不完善。现行的集体土地产权关系是一种契约关系，但是这种契约关系并不是市场供需条件下形成的，而是由国家行政权力赋予的，所以缺乏市场机制下运行所形成的那种稳定性和适应性，也难以反映市场供需之间的平衡关系。从而造成集体土地在流转过程中存在以下几个问题：一是土地流转不均衡;二是土地流转形式不规范;三是拥有集体土地使用权的农民土地流转意愿低。从而影响了土地的规模化和集约化经营。

　　集体土地产权转移后，对被征地农民的补偿安置不到位。目前，集体土地征收后，被征地农民的安置问题并不理想。作为被征地农民，在土地被征收后，政府一次性给予大量补偿费，对于很多农民来说，可算得上一笔巨款，于是坐吃山空。随着时间的推移，几年之后便会所剩无几，有的甚至无法度日。

　　农村土地网认为，应该明确农村集体土地产权的主体，建立一个信息交流的平台，供求双方通过交流，以达成土地经营权交易的目的。土地流转应遵循依法、依规、自愿、有偿的原则。三是采用多种形式的土地流转，不仅可以提高土地资源利用效率，也有利于形成规模经营，因此应以土地流转为基础，不断创新合理的生产组织形式。

　　加大对集体土地监管和宏观调控的力度。改革过程中集体土地市场的建设，更易出现各种难于避免和预见的问题，这就必须加强监督管理和宏观调控。国家必须首先制定土地利用总体规划，确定集体土地的地块用途;然后监管集体土地利用规划的实施，管制集体土地的用途。加强土地调查、土地评价和土地登记工作，做好监管和调控的基础工作，共同构筑完善的监督管理机制。