2009年10月28日，全国人大常委会农田水利建设专题调研小组，在第十一届全国人民代表大会常务委员会第十一次会议上提交了《关于农田水利建设项目实施情况的调研报告》（下称《报告》）。《报告》指出，农田水利建设仍存在投入不足、设施和设备老化失修、投入渠道分散等多个问题。

　　2009年，中央政府投资预算的9080亿元中，安排了1119亿元用于农田水利等事关民生的农村基础设施建设。《报告》显示，截至2009年8月10日，水利部共落实农田水利建设中央投资52.39亿元，国家农业综合开发办共落实农业综合开发中型灌区节水配套改造项目资金2.66亿元。

　　农田水利建设直接投入项目有九项，涉及到国家七、八个部门和更多的运行环节。《报告》称，各部门分头落实资金，导致目前农田水利建设资金使用分散，难以形成合力。同时，项目监督和评估难度加大，行政成本增加，重复建设和管理主体缺位的情形并存。

　　农田水利建设直接投资和间接投资都呈逐年增加态势，但其在水利投资中的比重仍然偏低。尤其在末级渠系和田间工程等小型农田水利建设上，政府投入明显不足。而农民缺乏投入能力和积极性，造成田间渠系不配套，难以形成灌溉能力。小型农田水利的投资主体不明确、设施产权不明晰、用水制度不完善和管护维修机制不健全等，已成为制约农田水利建设发展的瓶颈。因此，目前农田水利建设“最后一公里”梗阻问题，成为影响水利工程效益的主要原因。

　　而目前，由于国家财政投入不足，多数水利设施老化失修，一些地方在干旱面前束手无策，水利设施不堪重负。《报告》显示，大型灌区工程设施的完好率不足50%，中小型灌区工程设施的完好率不足40%。截至2008年，尽管全国农田有效灌溉面积达到8.77亿亩，约占全国耕地面积的48%，但仍有一半以上的农田得不到有效灌溉，只能“靠天吃饭”。

　　此外，农业用水不合理和大量浪费的情况普遍存在。当前全国农田节水灌溉面积仅有3.3亿亩，许多地方仍采用大水漫灌的灌溉方式，渠道渗漏现象严重。不少地方大量抽取地下水进行灌溉，已经对当地的生态造成严重影响。