一、农业生产责任制的问题
中国农业面临的问题之一，是农业现代化迟迟无进展，高效率的农业经营无法实现。其中最大的原因与农业生产责任制的推行导致土地承包的长期化、固定化相关联。以珠江三角洲为例，在农业生产责任制的条件下，每家分得的土地面积仅为两到三亩，仅仅依靠农业实现生活水平的提高几乎不可能。所以，在可能的情况下，很多农民便离开土地去乡镇企业工作。缺少这种就业机会的农民便外出谋生。对以非农业收入为主的农民来说，只要能确保自家口粮，便没有在农业投资的意识。农业投资趋于低下的原因有化肥价格上涨使成本上升、主要农产品价格低贱，但根本的原因是固定化的单个农户零散规模经营的承包方式。
政府期待实现农民向非农业移动时承包权自然回归集体或以有偿方式转让承包权，从而完成使农地向适合的农户集中，推进适当规模的现代化农业经营的目标。但是，与政府的愿望相反，实际上承包权的返还和转包几乎没有进展。因为只要把自家消费的粮食生产出来，就没必要投入更多的劳动力。而且一旦放弃承包权，万一失去了非农业工作，就会面临很大风险。因此，不仅兼职状态的粗放经营扩大，而且出现了耕地变成荒地的现象。
现在还有一个问题，即随着集体财产和私人财产的扩大，围绕着财产分配原则的矛盾尖锐化。这是经济发展的农村的典型性问题。
第一，关于土地收益的分配问题。在经济发展较快的农村，农地的非农业目的的使用非常普遍，这样的土地产生的收益怎样分配的问题出现了。其中典型之一是广东省深圳市宝安县横岗镇的事例。这个镇，在改革开放前不过是与其他地方没什么两样的乡村。但是，因为具有接近香港的地理条件优势，随着对外开放的进展大量外资流入这个地区，各种形式的外资企业开始经营。这些企业除向村里支付地租外，还被征收雇用外地劳动者的某种人头税。这样收益的额度相当大。
第二，如果土地归私人所有，外资企业支付的地租便成为土地所有者的财产。但是生产责任制保证土地的使用权，意味着仅能利用此土地经营农业。土地被利用于非农业方面时，收益归集体所有。这样镇村政府就面临着一个土地带来的收益如何进行分配的问题。
第三，关于集体的利益分配问题。像已经论述的那样，乡和村经营的企业的大多数是由经营者个人和经营者集团承包经营的。集体企业与人民公社时代一样，是以为农业服务为目的的非盈利性企业，它的资产规模没有达到一定程度时，谁也不去关心收益问题。但是，在发展了的农村地区，随着市场经济的进展集体企业得到高度发展，资产规模迅速扩大。结果，集体企业的收入分配问题也随之尖锐化。
比如，因为集体企业的财务制度不健全，公私不分，企业经营者和行政干部利用职权谋私，公费吃喝，甚至收受贿赂等问题也时有发生，引起群众的不满。同时，推行生产责任制后，集体的成员开始从事各种生计，与集体财产形成的相关程度也各有不同。这些关系涉及到行政干部、经营者、工人，或与企业没有直接关系的各种各样的人。在这种情况下，集体企业创出的收益依靠什么原则分配成为新的问题。
第四，私人企业发展带来的问题。在农村改革进展中迅速发展起来的私营企业包括个人经营企业进行着以私有制为基础的私人经营。因为私营企业的所有与经营的关系清晰，没有发生像集体企业面临的与所有制相关的问题。但是，私有财产发展到一定规模时，也会发生其他新问题。
以浙江省温州市为例，该市是私营企业发展的代表性地区。原来是以地少人多为特征的，从1949年前的时期开始，就具有商业活动繁荣的历史传统，在这种传统的影响下，个人经营的工商业达到高速发展。这些私人所有的小规模企业，由于技术水平低下，在市场饱和、竞争激化的情况下，降低价格，亏损增加的恶性循环出现了。面对这样的问题，通过扩大生产规模形成规模经济和提高技术水平是必要的。为此，不能不扩大投资规模。但是，民间储蓄资金为农民分散所有，通过银行、信用合作社的间接金融自然有各种限制。所以，作为实现企业进一步发展的手段，形成新的融资机制是必要的。
二、不彻底的所有制改革
人民公社的解体与农业生产责任制的推行，使农民成为独立生产主体，在农村形成市场化契机方面发挥了作用。对这一点应给予高度评价。正像前面分析的那样，农业生产责任制并非50年代初期改革后出现的“私人所有、私人经营”的简单复活。农业经营和集体企业的经营是把土地作为主要固定资产的集体所有，是人民公社时代所有制形式的继续。
如前面所述，所确立的不改变集体所有形式的农地承包制，成为零散规模经营和与农业现代化不同步的兼营化大范围扩大的原因之一。在经济发展较快的地区，农村经济的非农业化正在加速，集体财产和私人财产都在迅速扩大，集体所有与私人所有的界限模糊不清，这种制度改革的不彻底是带来各种问题的原因。另外，像在私有经济发达的地区出现的那样，由于私有财产的扩大，它自身也需要一个新的制度体系。在要求所有权明确化和利益分配机制再调整的呼声中，农村进入了新的“制度性突破”阶段。
三、股份合作制的试行
推行了农村生产责任制以后，围绕着所有制诸问题出现的课题是有关制度改革的“股份合作制”。股份合作制是股份与合作结合的新说法。像以下要说明的那样，即使是股份合作制也有几种变形，实施方法也因地区、规模而有所不同。试行股份合作制的企业数，在1994年年末已达300万个，乡镇企业中已扩展到占总数的12~13%.另外，以股份合作制为基础的金融组织“农村合作基金会”也于1991年在118万个乡镇占全国乡镇的10%出现。下面通过介绍具体事例归纳股份合作制的基本内容。
四、农地型股份合作制
作为寻求农业经营适当规模的改革尝试，将农地的承包制换算成股份的农地型股份合作制出现了。基本实施方法如下。
1.首先以自然村为单位将所有的土地按货币价值换算。一般是以农业税的计算方式和农地的年纯收益作为价值评价标准的，也有将两者加权平均的做法。
2.将算出的土地评价额换算成股份，以公平性和对集体贡献大小为尺度，作为“社员分配股”对村中成员分配。在“社员分配股”以外也有设“集体股”的。集体股的所有者是村民全体。自然村的土地算做行政村的股份，行政村向个人发放“土地股份证书”。
3.土地使用权一律由行政村集中掌握，交农户或集体承包经营。分配给个人的“社员分配股”也没有所有权，享受红利，但不可买卖、偿转让和继承。在没有设立集体股的情况下，首先要扣除一定比例的福利基金和公积金。
4. 行政村现有的“股份合作经济合作社”相当于村级企业的统一持股公司－笔者注负责土地利用承包的统一调整。通常，土地被分为农田保护区、工业开发区、商业贸易住宅区。董事会负责具体的决策和管理。董事会通过股东大会和监事会接受监督。
五、企业型股份合作制
在集体所有、经营的乡镇企业实行的股份制形式是企业型股份合作制。这种形式要首先进行集体所有企业的资产评估，把现有资产的所有权分为若干股份，使资产归属明确化。同时，也有吸收企业内外新资金称之为“现金股”的情况。关于现有资产所有权的股份，根据地区不同有几个特征存在，具有代表性的有如下三种：
1.集体股，乡村集体经济组织直接投资而形成的资产所换算的股份，所有权属集体内部的所有成员。
2.企业股，这是实行经营承包制之后出现的新方式，所有权属于企业的经营者和职工。
3.职工股，归企业职工个人所有，但职工只有享受分红的权利，一旦辞职便自然丧失了这种权利，而且不能充当抵押品、转让和继承。
另外，从集体所有的企业向股份合作制改组时，作为上述形式的变形，也有个人企业、私营企业向股份合作制转变的形式，以及不同所有制主体以股份形式吸资金设立新的股份合作制的形式。这些企业内部的组织结构与上述从集体企业转变来的企业没有多大差别，但“私人所有、私人经营”的特色比较浓厚。比如，以温州市为例，即使大部分股份为少数股东所有的企业，税后利润分配比例也要按照政府规定进行，在此前提下，才能被认定为股份合作制企业。
