按照12号文第（五十一）点关于地下空间建筑面积补交土地出让金的规定，分以下情形处理： 
一、原出让合同对地下空间建筑调整土地出让金已有约定的，从其约定。 
二、原出让合同约定暂缓征收地下空间建筑土地出让金（包括没有约定的）、在12号文实施前未办 理产权登记的，分为四类办理： 
（一）依法可以划拨的，按划拨方式处理； 
（二）地下商业、办公分别以首层商业、办公市场评估地价的比例计收土地出让金，其中地下负一层的比例为50%，地下负二层及以下的比例25%； 
（三）非机动车库以首层非机动车库市场评估地价的比例计收土地出让金，其中地下负一层的比例为 50%，地下负二层及以下的比例为25%； 
（四）除上述第一、二、三类以外的其他地下空间建筑，包括机动车库、设备用房等以首层机动车库市场评估地价的比例计收土地出让金，其中地下负一层的比例为50%、地下负二层及以下的比例为25%。